Le projet a consisté à remodeler fortement le batiment pour répondre à ces nouveaux besoins, tout en conservant l'esprit du lieu, centre de recherche pluri disciplinaire dispensant un enseignement gratuit et ouvert à tous. Mélange unique d'histoire et de modernité dont l'architecture devait rendre compte. La facture des espaces existants a donc été respectée, mais les volumes créés ont été traités de façon contemporaine en utilisant pourtant des matériaux issus d'une tradition classique : Chêne, Pierre calcaire de Dordogne, verre, acier patiné.

Au rez-de-chaussée, en arrivant de la Cour d'Honneur, le public pénètre dans le vaste hall d'accueil dont la simplicité originelle a été retrouvée, avec ses arcades et ses superbes mosaiques de sol soigneusement restaurées. L'accueil irrigue au Rdc des salles de cours (de 40 à 100 places) ainsi que des petits amphithéatres (dans les ailes encadrant la Cour Budé).

Du hall d’accueil, deux nouveaux escaliers ellipsoïdaux et symétriques semblent flotter dans leur trémie pour rejoindre le sous-sol. Créé en totalité via des reprises en sous-oeuvre spectaculaires, ce sous-sol regroupe autour d'un vaste foyer (situé sous la cour Letarouilly) pensé comme une nouvelle Cour d’Honneur couverte, deux grands amphithéatres de 160 et 420 places (amphi Marquerite de Navarre), 5 salles de séminaires et des petits salons (dans les anciennes caves voutées).

Les salles et amphithéatres ont été conçus en intégrant toutes les techniques nécessaires : climatisation à très faible flux, éclairage informatisé avec scénari préétablis, projection en simultané ou en différé, multi-conférence, stores solaires et d'occultation asservis à l'éclairage, cabines de traduction, régies son,  etc... Tous ces aspects techniques sont invisibles, cachés par l'enveloppe en bois des volumes, et par les faux-plafonds. Pour assurer le fonctionnement technique du site, des locaux dédiés ont été installés sous les rues intérieures, et des galeries circulables créées dans un deuxième sous-sol desservent les plenums et gaines verticales des zones concernées.

Les mobiliers (à l'exception des chaises et des canapés) et les béquilles de portes sont des créations originales de J.M.Wilmotte.